Образован в первые годы советской власти в составе Миленинской волости Фатежского уезда. В 1924—1928 годах в составе Фатежской волости Курского уезда. С 1928 года в составе Фатежского района.
14 июня 1954 года к Миленинскому сельсовету был присоединён Банинский сельсовет.
Статус и границы сельсовета установлены Законом Курской области от 21 октября 2004 года № 48-ЗКО «О муниципальных образованиях Курской области».